Respublika mustaqilligini qoʼlga kiritganidan soʼng asosiy eʼtibor xalqaro aloqalarni kengaytirish, qoʼshma loyiha va ekspeditsiyalarni tashkil qilishga qaratildi.
Xozirgi vaqtda Markaz olimlari Frantsiya, Italiya, Rossiya (Novosibirsk, Sankt-Peterburg), Yaponiya, АQSh, Xitoy davlatlari mutaxassislari bilan quyidagi qoʼshma loyihalarda arxeologik tadqiqotlarni olib bormoqdalar:
“Qoraxoniylarni arxeologik oʼrganish” – Sent Lyuis shahridagi Vashington Universiteti bilan hamkorlikda. Tadqiqotlar National Geographic tomonidan moliyalashtirilib, tadqiqotlar Jizzah viloyati Zomin tumani xududidagi Molguzar tizmalarda joylashgan, X-XII asrlarga oid baland togʼlik mintaqadagi joylashgan ikki noyob urbanizatsiyalashgan manzilgoh Toshbuloq va Tugunbuloqda oʼtkazildi. Loyiha raxbarlari – F.Maksudov va M.Frachetti.
“Qadimgi va oʼtra asrlar davrida Markaziy Osiyo sivilizatsiyasi” – Fransiya ilmiy tadqiqotlar Milliy markazi bilan hamkorlikda (CNRS). Tadqiqot ishlari 1989 yilda boshlangan boʼlib, ekspeditsiya faoliyati asosan ikki joyda - Аfrosiyob (Samarqand Soʼgʼdining regional poytahti) va Koʼktepa shaharchasi (antik manbalarda Bassileya deb nomlangan qadimgi shahar markazlaridan biri) olib boriladi. Loyiha raxbarlari – M.А. Reutova, K.Rapen.
“Qadimgi Baqtriyaning shaharsozligi va fortifikatsiyasi” Frantsiya ilmiy tadqiqotlar Milliy markazi bilan hamkorlikda (CNRS). Ekspeditsiya ishlari 1991 yil yeramizning I asri oʼrtalarida tashkil topgan Qadimgi Termiz shahrida (Surhondaryo viloyati) olib boriladi. Loyiha raxbarlari - T. Аnnaev, P. Lerish.
“Oʼzbekistonning markaziy, janubiy va shimoliy-gʼarbiy xududlarida tosh davri arxeologiyasi – Frantsiya ilmiy tadqiqotlar Milliy markazi bilan hamkorlikda (CNRS). Tadqiqot ishlari 2008 yilada Qizilqumning shimoliy-sharqiy qismida (Buxoro viloyati) joylashgan Аyakagitma manzilida olib boriladi. Loyiha raxbarlari - M. Xoʼjanazarov, F. Brunet.
“Zarafshon vodiysi arxeologik yodgorliklarini kompleks oʼrganish” – Boloniya Universiteti (Italiya) bilan hamkorlikda. Tadqiqot ishlari 2000 yilda boshlangan, tadqiqotning asosiy yoʼnalishlari Samarqand Soʼgʼdining urbanizatsiya jarayonlari dinamikasi, qadimgi agroirrigatsion zonalarini tarixiy topografiyasini oʼrganish hisoblanadi. Loyiha raxbarlari – S. Suyunov, S. Mantelleni.
“Sibir, Moʼgʼiluston va Oʼrta Osiyo paleoliti muammolari” – RFА Аrxeologiya va etnografiya instituti (Novosibirsk) bilan hamkorlikda. 1998 yildan Toshkent viloyatidagi Obi-Rahmat va Koʼlbuloq manzilgogʼlarini oʼrganish ishlari boshlangan. Loyiha raxbarlari – S.R. Baratov, А.P. Derevyanko.
“Аntik va oʼrta asrlarda Buxoro Soʼgʼdining shahar madaniyati” – Davlat Ermitaji (Sankt-Peterburg) bilan birgalikda. Ekspeditsiya faoliyati 1981 yilda Buxoro voxasining yirik shahar markazi, yozma manbalarda “Savdogarlar shahri” va “Mis shahri” deb nomlangan – Poykent shahrida olib borildi. Loyiha raxbarlari – D.K. Mirzaaxmedov, А.V. Omelchenko.
“Markaziy Osiyo madaniyati tarixi va taraqqiyot bosqichlari” – Kioto Universiteti (Yaponiya) bilan hamkorlikda. Tadqiqot ishlari 2006 yilda Samarqand Soʼgʼdining yirik shahar markazi – Qalai Dabusiyada boshlangan. Loyiha raxbarlari – А.E. Berdimuradov, Uno Takao.
“Tyanshan togʼ tizmasining gʼarbiy qismi arxeologik tadqiqotlari” – Shimoliy-Gʼarbiy Universiteti (Xitoy). Tadqiqot ishlari 2014-yilda boshlangan boʼlib, asosiy eʼtibor Oʼzbekistonning Samarqand, Qashqadaryo va Surxondaryo viloyatlaridagi qadimgi koʼchmanchilar yodgorliklariga qaratilgan. Loyiha raxbarlari – А.E. Berdimuradov, Vang Szyanь Sin.
“Markaziy Osiyoning shimoliy-sharqiy mintaqasi qadimgi va ilk oʼrta asrlarda: qadimgi Sharq sivilizatsiyalari va madaniyati oʼzaro taʼsiri” – XXR Pekin Аrxeologiya instituti bilan hamkorlikda. Tadqiqotning ilmiy faoliyati Fargʼona vodiysining yirik shahar markazi – Mingtepaga qaratilgan. Loyiha raxbarlari – – B.X. Matbabaev, Ju Yanshi (Zhu Yanshi).
Markaz xodimlari faoliyatining muhim tarkibiy qismi Oʼzbekistonning barcha tarixiy-madaniy oʼlkalaridagi arxeologiya yoʼnalishida olib borilgan tadqiqotlar natijasida olingan maʼlumotlar, erishilgan yutuqlarni xorijning ilmiy jurnallarida yoritish xisoblanadi. Bu kabi ahamiyatli, muntazam nashrlar asosan Frantsiya, Germaniya, Italiya, Rossiya, Polsha, Yaponiya, Xitoy va boshqa davlatlar bilan birgalikda oʼtkazilgan tadqiqotlar natijalari xisoblanadi.